Module dcg_sci_tool.reaction.detect_nearby_ads_for_deletion

Functions

def detect_nearby_ads_for_deletion(data, type_names_order, c_idx, o_idx, cutoff=6.0)

找到距离反应物CO的C和反应物O连线中点一定距离内吸附态的原子序号， 用于后续删除，分析没有第三方吸附物时的能垒

Args

data : Ovito DataCollection

type_names_order : list

元素顺序列表

c_idx : int

反应物CO中C原子序号

o_idx : int

反应物O原子的序号

cutoff : float

半径范围，默认6 Angstrom