Module dcg_sci_tool.structures_analysis.detect_O2_coordinating_to_PdAu

Functions

def detect_O2_coordinating_to_PdAu(data, type_names_order, o2_molecules, o_pd_cutoff=2.5, o_au_cutoff=2.5)

识别输入帧中与Pd或Au配位的O2分子，返回与Pd/Au配位的O2数量、总O2分子数，以及与Pd/Au配位的O2分子详情列表。 考虑了周期性边界条件。

Args

data : DataCollection

结构的ovito数据集合

type_names_order : list

原子类型名称列表，索引对应原子类型编号

o2_molecules : list

所有O2分子列表，每个元素是一个元组，包含第一个O原子序号和第二个O原子序号 (例如：[(o1_index1, o2_index1), (o1_index2, o2_index2), …])

o_pd_cutoff : float

O原子与Pd配位的距离阈值，单位为Å，默认为2.5 Å

o_au_cutoff : float

O原子与Au配位的距离阈值，单位为Å，默认为2.5 Å

Returns

tuple

O2分子信息 o2_pdau_count (int): 与Pd或Au配位的O2分子数量

total_o2 (int): 总O2分子数量

o2_pdau_details (list): 与Pd或Au配位的O2分子详情列表，每个元素是一个字典， 包含以下键： - 'o2' (tuple): O2分子的原子序号元组 (o1_index, o2_index) - 'o1_pd_neighbors' (list): 第一个O原子与Pd配位的邻居列表 - 'o1_au_neighbors' (list): 第一个O原子与Au配位的邻居列表 - 'o2_pd_neighbors' (list): 第二个O原子与Pd配位的邻居列表 - 'o2_au_neighbors' (list): 第二个O原子与Au配位的邻居列表