Module dcg_sci_tool.structures_analysis.get_pdau_surface_atoms

Functions

def get_pdau_surface_atoms(data, type_names_order, cutoff=4.0, CN_threshold=12)

获取位于 PdAu 簇表面的原子索引列表，基于配位数。

对于致密、严格对称的结构（如代码生成的PdAu标准正二十面体团簇）：

cutoff = 3.5, CN_threshold = 12

对于MD或者MD帧优化得到的结构：

cutoff = 4.0, CN_thershold = 12

Args

data : DataCollection

OVITO 数据对象，包含原子结构信息

type_names_order : list

原子类型名称顺序列表

cutoff : float

配位数计算的截断距离，单位为 Å（默认 4.0 Å，可取范围内尽量取大，增大适用范围）

CN_thershold : int

体相配位数阈值，用于判断原子是否位于表面（默认 12）

Returns

surface_atoms (list): 位于 PdAu 簇表面的原子索引列表