Module dcg_sci_tool.structures_analysis.get_pd3_hollow_sites
Functions
def get_pd3_hollow_sites(input_file, max_triangle_side=4.0, cutoff=3.5, CN_threshold=12)-
从输入结构中提取Pd原子组成的表面Hollow位点。 默认处理对象为致密、严格对称的结构(如代码生成的PdAu标准正二十面体团簇), 对于MD或者MD帧优化得到的结构,建议调整cutoff和CN_threshold参数以适用更广泛的情况。
Args
input_file- 输入结构文件路径 (支持.xyz, .data, .dump等格式)
max_triangle_side- Hollow位点三角形最大边长(Å),默认4.0
cutoff- 配位数计算截断距离(Å),默认3.5
CN_threshold- 体相配位数阈值,默认12
Returns
list- 包含Hollow位点信息的列表,每个元素是包含三个Pd原子序号的元组