Module dcg_sci_tool.reaction.neb_post_process

Functions

def neb_get_traj()

对NEB轨迹文件进行后处理

功能： 1. 查找所有dump.neb.*.lmpstrj轨迹文件 2. 按编号排序 3. 提取每个轨迹的首尾结构 4. 分别保存为check.xyz和result.xyz文件

def neb_post_process()

对NEB轨迹文件进行后处理

功能： 1. 生成初始插值轨迹和结束插值轨迹：check.xyz和result.xyz 2. 绘制势能变化图：neb_graph.png

def parse_neb_last_line(last_line: str, f_threshold=0.05)

解析最后一行，提取反应坐标和能量

def plot_neb_graph(src_file='neb_mep.dat', output_file='neb_graph.png')

绘制MEP能量曲线图，返回能垒、焓变和是否收敛的元组

def write_neb_mep_data(neb_mep_data_file='neb_mep.dat')