Module dcg_sci_tool.structures_modifying.get_traj_focusing_reaction_site

Functions

def get_traj_focusing_reaction_site(traj_file, c_index, o_index, cutoff=8.0, target_vector=None, new_cell=None)

输入原始MD-neb结构文件，输出经过处理后的结构文件，将反应局部结构聚焦到小晶胞中， 并使ovito观察视线方向（Y轴）经过反应区域和团簇中心 输出聚焦后的结构文件（ASE ATOMS类）

参数:

traj_file : str 原始MD-neb结构文件路径 c_index : int 反应物CO的C原子的索引 o_index : int 反应物O原子的索引 cutoff : float 截止距离，单位为Å，默认为8.0 target_vector : np.ndarray 或 list/tuple 目标向量，形状为(3,)，旋转后当前向量将与此向量同向 new_cell : np.ndarray 或 list/tuple 新的晶胞尺寸，形状为(3,)，如 [a, b, c]

返回:

返回旋转并平移后的neb轨迹对象 focused_traj : list of Atoms 旋转并平移后的ASE Atoms对象列表 new_indexes : list 旋转并平移后的结构中，原始索引old_indexes对应的新的原子索引列表