Module dcg_sci_tool.reaction.auto_neb_refine

Functions

def auto_neb_refine(lammps_in_file: str, left_idx, right_idx, max_round_num=3)

自动NEB优化：如果初次neb优化结果中出现中间态，则自动以中间态为初末态，重新优化NEB 直至neb优化出的能量-坐标图为单峰，最多执行max_round_num轮

Args

lammps_in_file : str

LAMMPS输入文件地址

left_idx : int

要截取的NEB最高峰左侧端点序号

right_idx : int

要截取的NEB最高峰右侧端点序号

max_round_num : int

循环迭代的最大轮数，默认值为3

Returns

tuple

最终优化结果的信息

Ea (float): 最终优化结果的能垒

dH (float): 最终优化结果的焓变

dir (str): 最终优化结果所在的地址

isConverged (bool): 最终优化结果是否力收敛（F < 0.05）