Module dcg_sci_tool.structures_modifying.construct_CO2_formation_FS

Functions

def construct_CO2_formation_FS(input_file: str, atom_indices: list)

调整轨迹结构第一帧，使反应物的吸附态CO和吸附态O相向移动，生成吸附态CO2； 具体： 1.确定距离吸附态CO的C和吸附态O连线中点最近的Pd或Au原子：middle_metal。 2.使反应物的吸附态CO和吸附态O相向移动，使C和吸附O距离缩短到1.25Å， 3.调整吸附态CO中O的位置，使吸附态CO的C-O键长恢复到1.25Å， 4.整体平移这三个原子，使C和middle_metal距离调整到2.0Å

Args

input_file : str

输入结构文件

atom_indices : list

两个原子序号的列表 [C_idx, O_ads_idx]

Returns

atoms (Atoms): 构造的末态结构