Module dcg_sci_tool.structures_analysis.find_cluster_surface_hollow_sites

Functions

def find_cluster_surface_hollow_sites(data: ovito.data.DataCollection,
type_names_order: list,
max_triangle_side: float = 4.0,
cutoff: float = 3.5,
CN_threshold: int = 12) ‑> list

输出PdAu团簇表面构成Hollow位点的三原子对，每个三原子对由三个原子索引组成，且满足三原子之间的边长不超过max_triangle_side。 默认处理对象为致密、严格对称的结构（如代码生成的PdAu标准正二十面体团簇）， 对于MD或者MD帧优化得到的结构，建议调整cutoff和CN_threshold参数以适用更广泛的情况。

Args

data : DataCollection

OVITO 数据对象，包含原子结构信息

type_names_order : list

原子类型名称顺序列表，索引对应原子类型编号

max_triangle_side : float

构成Hollow位点的三原子之间的最大边长，单位为 Å（默认 4.0 Å）

cutoff : float

配位数计算的截断距离，单位为 Å（默认 3.5 Å，适用于致密、严格对称的结构）

CN_threshold : int

体相配位数阈值，用于判断原子是否位于表面（默认 12）

Returns

hollowSites (list): 位于 PdAu 簇表面的Hollow位点三原子索引列表，每个元素为一个包含三个原子索引的元组