Module dcg_sci_tool.reaction.onekey_run_neb_zbl

Functions

def onekey_run_neb_zbl(mode='ads', mpi_partition='40x1', neb_max_refine_rounds=3)

对于ads模式：提取单个MD反应快照（反应物原子需要染成兰色），计算neb过程的能垒， 包括气体分子删除、初态优化、末态构建、NEB_zbl 计算、EACH NEB 计算过程 对于no_ads模式：或者根据已经优化好的有吸附物的neb轨迹，计算无吸附物的neb过程。 包括反应位点附近吸附态原子删除、初态优化、末态构建、NEB_zbl 计算、EACH NEB 计算过程。

Args

mode : str

计算模式，"ads"或"no_ads"，前者意思是包含吸附物，后者意思是不包含吸附物计算。默认是"ads"。

mpi_partition : str

跑lammps的neb环境配置参数

neb_max_refine_rounds : int

neb单峰优化过程最大迭代轮数，默认是3。

def setup_logging()

设置日志和版本信息