Module dcg_sci_tool.applications.get_target_atoms_from_MD
Functions
def get_bonded_co_pairs(atom_indices: List[int], atoms: ase.atoms.Atoms) ‑> List[Tuple[int, int]]-
内部函数：使用ASE库计算考虑PBC的成键C-O对
Args
atom_indices- 包含3个原子索引的列表
atoms- ASE Atoms对象，包含坐标、元素、晶胞和PBC信息
Returns
成键的(C, O)原子对列表
def get_target_atoms_from_MD(input_file: str)-
根据MD中截取的反应初态，找到兰色的原子序号，并输出要耦合的C和O原子的序号
Args
input_file:str- MD中截取反应的轨迹地址
Returns
target_atoms (list): 目标原子（要耦合的C和O原子）的序号列表