Module dcg_sci_tool.structures_analysis.paint_atoms
Functions
def color_atoms_in_trajectory(trajectory_file: str,
rgb_color: list,
atom_indices: list,
output_file: str = None)-
将指定原子序号列表中的原子染成指定的RGB颜色，并生成新的轨迹文件
Args
trajectory_file:str- 输入轨迹文件的路径 (xyz格式)
rgb_color:list- RGB颜色值列表，范围[0.0, 1.0]，如[1.0, 0.0, 0.0]表示红色
atom_indices:list- 要染色的原子序号列表
output_file:str- 输出文件路径。如果不指定，则在原文件名后添加"_colored"
Returns
output_file (str): 输出文件路径
def color_atoms_in_trajectory_multicolor(trajectory_file: str, atom_color_map: dict, output_file: str = None)-
将轨迹中不同原子染成不同颜色
Args
trajectory_file:str- 输入轨迹文件的路径 (xyz格式)
atom_color_map:dict- 字典，键为原子序号，值为RGB颜色列表 示例: {0: [1.0, 0.0, 0.0], 1: [0.0, 1.0, 0.0]}
output_file:str- 输出文件路径
Returns
output_file (str): 输出文件路径