Module dcg_sci_tool.reaction.run_neb_calculation_zbl

Functions

def run_neb_calculation_zbl(minimized_is_path,
target_atom_list,
mpi_partition='40x1',
neb_max_refine_rounds=3)

在自动截取MD轨迹的算能垒的自动化流程中，运行 NEB_zbl 计算，用于避开初始线性插值导致的原子距离过近的问题

Args

minimized_is_path : Path

最小化后的初始结构文件路径

target_atom_list : list

目标原子列表

mpi_partition : str, optional

MPI 分区名称，默认 "40x1"

neb_max_refine_rounds (int, optional): 自动优化轮数，默认 3