Module dcg_sci_tool.reaction.get_struct_focusing_reaction_site

Functions

def get_struct_focusing_reaction_site(data, type_names_order, c_index, o_index, cutoff=6.0, target_vector=None, new_cell=None)

输入原始MD-neb结构文件，输出经过处理后的结构文件，将反应局部结构聚焦到小晶胞中， 并使ovito观察视线方向（Y轴）经过反应区域和团簇中心 输出聚焦后的结构文件（ASE ATOMS类）

参数:

data : ovito.data.DataCollection 包含原子结构和相关数据的Ovito DataCollection对象 type_names_order : list of str 原子类型名称的顺序列表 c_index : int 反应物CO的C原子的索引 o_index : int 反应物O原子的索引 cutoff : float 截止距离，单位为Å，默认为6.0 target_vector : np.ndarray 或 list/tuple 目标向量，形状为(3,)，旋转后当前向量将与此向量同向 new_cell : np.ndarray 或 list/tuple 新的晶胞尺寸，形状为(3,)，如 [a, b, c]

返回:

返回旋转并平移后的ASE Atoms对象 rotated_translated_struct : Atoms 旋转并平移后的ASE Atoms对象