Module dcg_sci_tool.reaction.get_reaction_local_atoms_list

Functions

def get_reaction_local_atoms_list(data, type_names_order, c_index, o_index, cutoff=6.0)

获取反应局部结构：以目标C和O原子连线中点为中心，cutoff范围内的所有原子（排除气态分子原子）， 并且如果吸附态CO分子有一个原子在范围内，则添加另一个原子。返回满足条件的原子索引列表。

Args

data : DataCollection

结构的ovito数据集合

type_names_order : list

原子类型名称列表，索引对应原子类型编号

c_index : int

目标C原子索引

o_index : int

目标O原子索引

cutoff : float

以C-O连线中点为中心的范围，单位为Å，默认为6.0 Å

Returns

final_atom_list (list): 满足条件的原子索引列表