Module dcg_sci_tool.structures_modifying.pre_del_ads

Functions

def pre_del_ads(input_file: str, c_idx, o_idx, cutoff=6.0)

将优化后的反应中心附近有其他吸附物的neb轨迹文件第一帧结构中，距离目标C和O连线中点 cutoff距离内的其他C和O原子删去，如果某个半径范围内的原子是吸附态气体分子的一部分， 则整个分子会被删去，输出新的Atoms对象以及目标C和O原子的新的原子索引

Args

input_file : str

要处理的轨迹文件地址

c_idx : int

反应物CO中C原子序号

o_idx : int

反应物O原子的序号

cutoff : float

半径范围，默认6 Angstrom

Returns

tuple

处理后的结果

filtered_atoms (Atoms): 处理后的Atoms对象

tranfered_indexes (list): 转化后的目标C和O原子索引列表[c_idx, o_idx]