Module dcg_sci_tool.structures_analysis.detect_CO_coordinating_to_PdAu

Functions

def detect_CO_coordinating_to_PdAu(data,
type_names_order,
co_molecules,
c_pd_cutoff=2.5,
o_pd_cutoff=2.5,
c_au_cutoff=2.5,
o_au_cutoff=2.5)

识别输入帧与PdAu配位的CO分子，返回与Pd配位的CO数量、总CO分子数，与Pd配位的CO分子详情列表。 考虑了周期性边界条件。

Args

data : DataCollection

结构的ovito数据集合

type_names_order : list

原子类型名称列表，索引对应原子类型编号

co_molecules : list

所有CO分子列表（包含气态），每个元素是一个元组，包含C原子序号和O原子序号

cpd_cutoff : float

C原子与Pd配位的距离阈值，单位为Å，默认为2.5 Å

opd_cutoff : float

O原子与Pd配位的距离阈值，单位为Å，默认为2.5 Å

cau_cutoff : float

C原子与Au配位的距离阈值，单位为Å，默认为2.5 Å

oau_cutoff : float

O原子与Au配位的距离阈值，单位为Å，默认为2.5 Å

Returns

tuple

CO分子信息

co_pd_count (int): 与Pd配位的CO分子数量

total_co (int): 总CO分子数量

co_pd_details (list): 与Pd配位的CO分子详情列表，每个元素是一个字典， 包含'co'键（CO分子的原子序号元组）、'c_pd_neighbors'键（C原子与Pd配位的邻居列表）、 'o_pd_neighbors'键（O原子与Pd配位的邻居列表）