Module dcg_sci_tool.reaction.get_local_minima_sides_of_peak

Functions

def get_local_minima_sides_of_peak(mep_data_file='neb_mep.dat', neb_traj_file='result.xyz')

读取跑lmps-neb获得的MEP文件，找到处于能量峰值两侧的局部最小值对应的序号， 如果没有，则输出端点序号（0或最大序号），并根据序号和优化后的neb轨迹， 输出相应的.xyz文件:mid_IS.xyz和mid_FS.xyz。

Args

mep_data_file : str

MEP文件数据文件名（默认"neb_mep.dat"）

neb_traj_file : str

优化后的neb轨迹文件名（默认"result.xyz"）

Returns

tuple

是否找到中间态以及峰值左右两侧的局部最低点或端点的序号

found_local_minima (bool): 是否找到中间态

result_indices[0] (int)：左侧构象序号

result_indices[1] (int)：右侧构象序号